煤炭資源采礦權有償使用制度就是采礦權人通過合法方式一次性付清相對資源租而后逐年繳納絕對資源租而獲得采礦權的制度。相對資源租制度是煤炭資源所有者出讓采礦權而一次性收取相對資源租(又稱紅利，采礦權價款)的制度。絕對資源租制度是煤炭資源所有者依據所有權收取資源耗竭性補償(又稱權利金，耗竭性收益)的制度。相對資源租在前，絕對資源租在后，兩者不能相互代替。無論相對資源租和絕對資源租，其對煤炭資源所有人和采礦權人的利益博弈都是重要的。

總體上看，我國煤炭資源采礦權有償使用制度理論和實踐都還比較落后，某些制度的負面作用甚至大于正面作用。

1.缺乏總體設計，費用項目多而雜，功能重復交叉。

煤炭資源采礦權有償使用制度的整體框架不清晰，缺乏科學的總體設計；絕對資源租和相對資源租的性質和功能相交織，煤炭采礦權有償使用費用包括采礦權價款、資源稅、資源補償費和增值稅中的一部分，多達四類，費用名目多而雜、雜而散；煤炭資源稅所含的級差收益調節與采礦權價款的級差收益調節功能明顯地重復交叉，增值稅中資源有償使用功能與資源補償費交叉重復。與市場經濟國家相比，目前我國煤炭產品稅費之重為世界之最，但煤炭資源有償使用總費用卻比這些國家低。

現行煤炭資源稅、資源補償費征收制度是20世紀90年代計劃經濟向社會主義市場經濟過渡時期的產物，亦是國民經濟明顯粗放型增長時期的產物，已不能適應建設節約型和環境友好型社會的需要。雖然與煤炭產品相關的稅和有償使用費都是國家財政收入，但兩者設立的理論依據、法律依據和實際操作完全不同，煤礦企業煤炭資源有償使用費用進成本的會計科目也不同。

2.資源稅制弊端。

煤炭資源稅制在過去曾經發揮過積極作用，但是，隨著采礦權價款制度的建立，其不科學性問題就越來越突出。

(1)資源稅功能與采礦權價款功能重復，兩者都有級差收益調節，不科學。例如，煉焦煤采礦權價款已經充分包含了煤種級差收益調節的因素，而資源稅也包含此因素，兩者功能重復。在其他條件相同的情況下，煉焦煤采礦權價款已經高于非煉焦煤種，而焦煤的煤炭資源稅為8元/噸，比其他煤種的煤炭資源稅額高出1倍以上。

(2)以政治權力為依據、按銷售量收取的資源稅制，不能起到級差收益調節的作用。在不改變資源稅征收模式的情況下，無論資源稅額標準多高，都只能起到增加地方財政收入的作用，而不能收到抑制資源浪費的效果，甚至進一步加劇了煤礦企業采富棄貧、浪費資源的行為。

(3)資源稅額標準以行政單位確定不科學。一是各地方提出的標準相差很大，由此產生不公平。由于煤炭資源稅是地方稅，目前還有幾個省(區、市)沒有上調稅額標準。現行非焦煤的資源稅額標準范圍為0.5元~4.0元/噸，最高與最低相差3.5元/噸。二是同一煤田資源卻有不同的煤炭資源稅，不合理。例如，鄂爾多斯煤田跨山西、陜西、內蒙古、寧夏和甘肅五省區，而此五省區的煤炭資源稅額標準不同。三是一些煤炭資源條件差的省區的煤炭資源稅額標準還高于資源條件好的省區。例如，湖北的煤炭資源條件差，如果從資源級差收益調節功能看，其資源稅額應低于比其資源條件好的湖南，但其資源稅額高于湖南。

(4)改革期的資源稅制度沒有與采礦權價款制度改革掛鉤，造成不公平競爭。目前，已繳納采礦權價款的與沒有繳納采礦權價款的都要繳納相同標準的資源稅，都被提高資源稅額標準，明顯不合理。

3.資源補償費制度問題。

在煤炭資源補償費計算公式“費額=礦產品銷售收入×補償費率×開采回收率系數”中，資源補償費按銷售收入計征比較合理，但與回收率掛鉤，就不科學不可行。因為:(1)煤炭資源補償費中的“礦山回收率”的概念不清，各地執行時標準可能不同。就煤礦礦井而言，“回收率”概念有三個:礦井回收率、采區回收率和采煤工作面回收率。此處的“回收率”是指哪個，沒有明確規定。(2)對“礦井回收率”的確定缺乏有效的核實機制和監督機制，制度形同虛設。(3)理論上不可行。首先，資源回收率的確定比較復雜，核實和監督資源回收率的成本很高。資源空間形態的差異是資源回收率不同的客觀條件，資源煤炭資源的賦存形態不同，在一定的技術經濟條件和一定采煤方法限定下采出的煤炭數量不同。嚴格地講，科學地核定煤礦資源回收率需要地質、測量和采礦專業技術人員參與，而稅務部門難以配置這些專業人員。回收率的確定只能由采礦權人報告，核查只能流于形式。其次，目前我國有煤礦約1.8萬個，大致相當于世界其他產煤國煤礦數量之和，這些煤礦分布在26個省市區(原為27個省市區，2006年4月廣東省已退出煤炭行業)。煤礦數量之多，分布面之廣，核查回收率工作量之大，政府部門不可能有那么多的人力去做。(4)資源補償費提高資源回收率功能與采礦權價款的提高資源回收率功能重復交叉，不合理。(5)實踐已證明資源補償費與回收率掛鉤制度不可行。全國實行這一制度十幾年，但是煤炭資源回收率還是很低。(6)改革期的資源補償費制度沒有與采礦權價款制度改革掛鉤，已繳納采礦權價款的與沒有繳納采礦權價款的都實行相同的資源補償費費率，明顯不合理、不公平。

4.煤炭增值稅混淆了稅與資源有償使用費的概念。

(1)稅與資源有償使用費的性質、功能不同。

在性質上，稅是國家憑借政治權力強行地無償地征收的國家財政收入，而煤炭采礦權有償使用費是國家憑借煤炭資源所有權收取的資源資產收益，兩者性質完全不同。因此，國家憑借政治權力征收的增值稅、資源稅與體現國家所有權益的資源補償費存在交叉。新的自然資源價值觀認為煤炭資源不但有使用價值，而且有價值，有增值性，煤炭資源采礦權能夠出讓和轉讓。然而，與制造加工業等產業產品的價值、增值性截然不同的是，煤炭產品的價值、增值性只與煤炭資源自然稟賦、耗竭性相關，而與生產技術進步和設備更新無關。但煤炭增值稅制度恰恰忽視了煤礦企業的勞動對象是不可再生的自然資源這一特殊性。實際上，煤炭開采行業生產具有一定的第一產業性質。對煤炭開采業設立增值稅而且是生產型增值稅實際上將煤炭開采業視同為制造業、加工業，設立所謂的“先征后返”制度又形成其分配不公平和管理成本增加的弊端。在功能上，稅收是國家為保證國家管理運行而設置的財政收入，實際操作中可以減免等優惠，而煤炭資源采礦權有償使用費是國家對煤炭資源的所有權收益，不能減免。雖然增值稅和資源有償使用費都是國家財政收入，但會計科目不同。

(2)增值稅造成煤礦企業稅負高與采礦權有償使用費低的矛盾。

1994年稅制改革前后，其他行業的稅負變化不大，但卻大大加重了煤炭開采業稅負。因為煤炭開采的不可再生的自然資源，購買原材料的進項稅抵扣比制造加工業等行業企業少得多，實際稅負比1994年稅制改革前高出近7個百分點!但與世界主要產煤國相比，我國絕大多數采礦權人卻沒有繳納采礦權價款而導致煤炭資源采礦權有償使用總費用低的不合理現象。

5.采礦權價款制度的弊端。

(1)由于理論認識和法律法規上將采礦權與國家是否出資勘察相聯系，我國煤炭資源采礦權價格普遍存在低估現象。例如，山西省現行的煤炭資源采礦權價款標準明顯低，最高價款標準才3.8元/噸。(2)礦業權價款的確定不規范。主要表現在:一是采礦權價值評估不規范。二是采礦權價格確定不規范。三是采礦權價款標準確定不規范。(3)出讓方式有弊端。主要表現在:一是申請出讓、協議出讓會助長壟斷；二是備案制不符合國家經濟體制改革的大方向；三是采礦權拍賣行為不規范，政府監管不到位。有的拍賣中介機構置國家法律法規于不顧，在沒有通過國土資源部門審批前就發布公告，擅自拍賣。(4)煤炭資源采礦權制度改革與實踐滯后導致煤炭資源大量浪費，生產秩序混亂，影響到國家能源安全和國民經濟的正常運行。

6.煤炭資源采礦權有償使用管理體制上的弊端。

目前，我國煤炭資源有償使用制度實行中央和省級政府兩級管理，有的省區甚至要求縣級政府部門也制定有償使用方案，成了事實上的多級管理。這種管理體制帶來一系列問題:(1)弱化了宏觀控制，強化了地方保護，不利于全國煤炭資源的優化配置；(2)導致各地配置煤炭采礦權掌握的標準不同，不利于煤炭經濟有計劃經濟向市場經濟體制轉型；(3)增加了腐敗風險；(4)增加行政成本、降低管理效率；(5)采礦權備案制既與煤炭資源有償使用改革的大方向不協調，既造成了采礦權人之間的不公平競爭，又弱化了國家的煤炭資源所有權管理，降低了國家煤炭資源資產收益；(6)缺乏反壟斷反腐敗監督體制和機制。