2009年度中央預算執行和其他財政收支的審計工作報告披露，截至2009年5月，西氣東輸二線工程西段已簽訂的36億多元施工合同中，有近80％未按規定招標，其中1．01億元被違規直接發包，27億多元合同的招標中存在人為拆分標段、違規確定中標人等問題。

按照中央關于加強工程建設領域突出問題專項治理工作的總體部署，審計署加大了對政府投資項目的審計力度，并重點組織對京滬高速鐵路、西氣東輸二線工程西段、金沙江向家壩水電站和1981個擴內需投資項目等進行了跟蹤審計和審計調查。

審計報告顯示，一些工程建設和監理單位對施工單位上報的驗工計價審核把關不嚴，財務核算也不夠規范，在對京滬高速鐵路和西氣東輸二線工程西段等項目的審計中，共發現超進度計價和多計工程款8．15億元，建設成本中列支其他費用和用虛假發票報賬等問題17．94億元。

審計報告還指出，有的工程建設對生態環境造成了一定影響，如西氣東輸二線工程西段在穿越甘肅、新疆等地的3個自然保護區時，施工單位違規采用機械開挖，擅自增加施工作業寬度，導致植被損毀面積增加110多萬平方米。

審計報告說，目前，相關部門和單位已糾正驗工計價中存在的問題7．25億元，166個項目通過補辦征地用地或環評手續、進行耕地復墾等方式進行了整改，并清理了違規分包的施工隊伍。各地還出臺了18項貫徹落實中央擴內需政策、加強政府投資項目管理的制度措施。