隨著三峽工程175米蓄水，三峽水庫轉(zhuǎn)入后續(xù)管理階段，三峽庫區(qū)的環(huán)境保護成為全國重點流域環(huán)境保護的重中之重。近年來，重慶市積極探索健全完善三峽庫區(qū)水環(huán)境保護長效機制，三峽庫區(qū)環(huán)境保護工作取得積極成效，庫區(qū)水質(zhì)經(jīng)受住了蓄水以來的時間考驗。

一是大力推進環(huán)境基礎設施建設。在國家的支持下，重慶市生活污染治理項目建設進度加快。到2009年底，全市已累計建成94個生活污水處理廠（含分散型小城鎮(zhèn)污水處理廠）和48座垃圾處理場，全市城市生活污水集中處理率和生活垃圾處理無害化處理率分別達到79%和89%，其中庫區(qū)已分別達到84%和94%，遠高于全國平均水平。

二是不斷加大庫區(qū)工業(yè)污染防治力度。制定了《工業(yè)項目環(huán)境準入規(guī)定》，防止有重大環(huán)境風險項目進入庫區(qū)，引導工業(yè)企業(yè)向工業(yè)園區(qū)集中，堅持集中控制工業(yè)污染、集中防范工業(yè)項目環(huán)境風險。完成了淹沒工礦企業(yè)搬遷調(diào)整任務，完成了主城區(qū)66戶企業(yè)環(huán)保搬遷。開展造紙、電鍍、電解錳、碳酸鍶等行業(yè)的專項整治，強化了化工行業(yè)環(huán)境安全檢查。

三是切實加強庫區(qū)飲用水源保護。近年來，重慶市每年都將飲用水源保護列為市委、市政府“民心工程”，予以重點推進。清理了飲用水源保護區(qū)范圍的所有工業(yè)污染源、市政排污口和餐飲娛樂船，完成了全市500人以上集中式飲用水源保護區(qū)的劃定工作。禁止在三峽庫區(qū)水體水域進行網(wǎng)箱、網(wǎng)欄養(yǎng)殖，開展了三峽庫區(qū)水產(chǎn)養(yǎng)殖專項執(zhí)法行動。

四是認真做好庫底固體廢物清理和漂浮物清撈。圓滿完成三峽庫區(qū)二、三、四期庫底固體廢物的清理，清理處置生活垃圾306萬噸，清理處置一般工業(yè)固廢260萬噸，清理危險廢物1.9萬噸，清理處置廢放射源18枚。三峽水庫蓄水以來，我市財政累計安排清漂經(jīng)費1.46億元，配備31艘機械化清漂船和27輛垃圾壓縮式運輸車，清理漂浮垃圾58萬余噸。尤其是三峽工程175米試驗性蓄水期間，全市組織了“萬人清漂大突擊活動”，2個月清理漂浮物10萬余噸，緩解了三峽壩前清漂壓力，確保了庫區(qū)蓄水的安全和水域的清潔。

五是努力積極推進次級河流污染綜合整治。完成了主城區(qū)桃花溪流域綜合整治工作，水環(huán)境質(zhì)量顯著改善。列入《三峽庫區(qū)及其上游水污染防治規(guī)劃（修訂本）》（以下簡稱《規(guī)劃修訂本》）的8條示范項目，有2條（苧溪河和梁灘河）開工建設，2條（瀨溪河、桃花河）已上報國家發(fā)改委審查概算，其余4條正在開展前期工作。

六是扎實開展庫區(qū)船舶污染治理。新建造船舶全部安裝了生活污水處理裝置，老船舶分期分批實施治理。在主城、萬州、巫山等主要客運港區(qū)設置了固體垃圾接收船舶，庫區(qū)30馬力以上的運輸船舶按要求配備了油水分離設備和污油水儲存裝置,約600艘船舶安裝了一體化生化處理裝置。

七是深入開展農(nóng)村面源污染防治。近年來，三峽庫區(qū)累計投入4.76億元，發(fā)展農(nóng)村戶用沼氣53.14萬戶，庫區(qū)農(nóng)村戶用沼氣占庫區(qū)總農(nóng)戶的15.5%，建成畜禽養(yǎng)殖場沼氣工程550處，促進畜禽糞污的資源化利用和無害化處理，形成了能源生態(tài)型和能源環(huán)保型等多種養(yǎng)殖場污染治理模式。加強生態(tài)農(nóng)業(yè)建設，推廣實施測土配方施肥，庫區(qū)生態(tài)農(nóng)業(yè)試點示范區(qū)縣建設擴大到15個。

八是推進實施消落帶生態(tài)環(huán)境保護。開展了消落帶環(huán)境問題研究，啟動了開縣水位調(diào)節(jié)壩工程、奉節(jié)朱衣河胡家壩消落帶環(huán)境綜合整治工程、巫山小三峽生態(tài)保護項目、巫溪王家河護岸工程等一批消落帶生態(tài)環(huán)境保護試點示范工程，實施了“三峽庫區(qū)消落帶生態(tài)恢復與綜合整治技術與示范”和“三峽庫區(qū)水土流失與面源污染控制試驗示范”等科技支撐項目，開展了消落區(qū)耐淹植物栽培試驗。

三峽工程蓄水以來，庫區(qū)水環(huán)境質(zhì)量總體保持穩(wěn)定，長江、嘉陵江和烏江重慶段水質(zhì)滿足Ⅱ類斷面比例逐年上升。今年上半年，長江、嘉陵江和烏江重慶段8個國控監(jiān)測斷面水質(zhì)、國控飲用水源地和城鎮(zhèn)集中式飲用水源地水質(zhì)均全部滿足水域功能要求;次級河流水質(zhì)滿足水域功能要求的斷面比例達到79.6%；長江出境斷面水質(zhì)到達Ⅱ類水質(zhì)標準，庫區(qū)水質(zhì)經(jīng)受住了蓄水以來的時間考驗。