中國煤炭經濟研究會前不久完成的對神華集團、中煤能源集團等13家國有及國有控股大型煤炭企業集團一個專項調查顯示，2006年以來，大型煤炭企業集團整體稅收負擔逐年加重，其中煤炭產品稅收和行政性費用大幅增加，非煤產業稅收負擔有所減輕。

根據調查分析，大型煤炭企業集團煤炭產品稅費負擔過重的具體原因有三：一是煤炭增值稅抵扣范圍太窄、轉型不到位，增值稅稅負高；二是煤炭企業成本核算不完整，部分隱性成本沒有被及時納入成本，導致企業利潤虛高，企業所得稅負擔較重；三是煤炭行業稅費交織，設計不合理，有些項目重復征收。 如何使煤企稅費水平更科學合理，上述三方面主要問題尚待破解。

2006年至2009年，被調查企業的銷售收入總額增幅為116.46%，而納稅總額增幅為135.77%，納稅增幅超過銷售收入增幅19.31個百分點。煤炭企業整體稅收負擔逐年加重，由2006年的12.71%提高到2009年的13.84%，提高了1.13個百分點。2006年至2009年，被調查企業整體稅負年平均為13.45%；而2004年至2006年，中國煤炭經濟研究會調查的22家國有及國有控股大型煤炭企業集團年平均稅負為11.51%。雖然兩次被調查企業的數量和對象有差異，但主要和基本樣本相同，可以看出，煤炭企業整體稅收負擔呈現加重趨勢。

調查顯示，煤炭產品稅收和行政性費用近幾年均大幅增加。2006年以來，被調查企業煤炭產品銷售收入快速增加，2009年比2006年增長79.38%。但其向國家繳納稅款的增幅更大，2009年比2006年增長152.07%。企業煤炭產品平均稅負由2006年的13.9%提高到2009年的19.64%。

據分析，近兩年煤炭產品稅負提高較快，主要原因是增值稅轉型不到位和煤炭資源稅增收標準提高。

2009年以前，煤炭企業實行生產型增值稅，稅率為13%，不予抵扣固定資產(機械設備)所含的增值稅。自2009年1月1日起，國家全面實行增值稅轉型，實行消費型增值稅，固定資產進項稅準予抵扣，煤炭行業的增值稅稅率提高到17%。由于煤炭生產沒有原材料消耗，因此可抵扣的購進額僅占產品銷售收入的20%左右，遠低于一般工業產品70%左右的比率，致使煤炭企業不但不能在本輪增值稅轉型中獲益，負擔反而進一步加重。

煤炭資源稅方面，國家統計局資料顯示，2005年全國征收煤炭資源稅38.12億元，平均每噸原煤負擔資源稅1.77元。而此次對13家大型煤炭企業集團的調查顯示，2008年和2009年平均每噸原煤擔負的資源稅分別為2.79元和3.42元。

2007年《煤炭企業稅費制度改革研究》資料顯示，2006年大型煤炭企業行政性費用負擔平均水平為5.16%，本次調研測算的2009年大型煤炭企業集團行政性費用負擔平均水平為10.65%，比2006年增加了1倍多。

行政性費用主要包括三大類。一是國務院批準的政府性基金，主要包括鐵路建設基金及鐵路建設附加費、港口建設費、煤炭價格調節基金、煤炭可持續發展基金。二是煤炭資源類收費，主要包括礦產資源補償費、礦業權使用費、礦業權價款和水資源費。三是環境類收費，對煤炭企業影響較大的主要是礦山環境治理恢復保證金、煤矸石排放費、礦井水排放費。

煤炭產品行政性費用負擔各地區差別很大。山西煤炭產品行政性費用負擔最重，內蒙古、陜西、寧夏較重，山東、安徽、江蘇、河北較輕。

調查發現，煤炭企業所得稅在近幾年沒有明顯變化，與上一階段持平。營業稅、教育費附加等其他一些稅費逐年增加。

而被調查企業2006年至2009年非煤產業平均稅負逐年下降，由2006年的13.05%下降到2009年的4.76%，降幅為63.52%。