美國聯邦航空局和各航空公司組織大肆抨擊歐盟做出的從明年起將航空業納入排放交易體系的決定，認為此舉超出了歐盟的監管權限并將剝奪各航空公司的利潤，而各航空公司本可用這筆資金投資開發協助降低二氧化碳排放的新技術。
　　
聯邦航空局主管政策、國際事務和環境問題的副局長Julie Oettinger 周三在弗吉尼亞州阿靈頓召開的第四屆ATW 生態航空年會上表示，“二氧化碳排放是一個需要全世界共同解決的全球性問題……歐盟繼續單方面推行，我擔心將各航空公司納入歐盟排放交易計劃]只會適得其反。減少航空業二氧化碳排放]需要全球采取共同策略。”

美國航空運輸協會主管美國環境事務的總經理Timothy Pohle 補充表示，“你們所討論的系統是深入其他國家攫取[航空公司]資金并以無法解決環境問題的方式使用這種資本……這項計劃的確使用我們的資金購買旨在減少航空業二氧化碳足跡的新技術。”

航空運輸協會及其三家成員航空公司— 美國航空、大陸航空和聯合航空— 于2009 年12 月在英國提起訴訟，希望免除將非歐盟航空公司納入排放交易計劃。此案已交由歐洲法院審理。航空運輸協會提出的主要反對意見是該排放交易計劃違反了《芝加哥公約》中的多項條約規定，尤其是第一條，該條規定各國對其領空內的航空公司擁有主權。“我們相信我們一定能勝訴，這一點無論怎樣強調都不為過”，Pohle 表示，“我們希望此案能在今年排放交易計劃生效前得以解決。”

國際民航組織英國代表Michael Rossell 指出，“我們所了解的信息是本案可能會在今年年底聽證并在明年初宣判。”

各航空公司認為從經濟角度看，排放交易計劃毫無意義。“航空業是一個資金密集型行業，挪用購買新技術的資金以遵守排放交易計劃的規定]風險很大”，拉美和加勒比地區航空運輸協會執行干事Alex de Gunten 在生態航空大會上表示，“對歐洲人來說，這可能是個不錯的體系。但請不要將其強加給其他地區。”

而Rossell 在為排放交易計劃辯解時表示，“即使我們使用當今最高效的飛機，航空業的二氧化碳排放仍將繼續增加。如果一個地區的排放量上升，則其他地區必須降低排放量……出于政策原因，歐洲地區決定采取行動監測排放量并鼓勵航空承運人降低排放量。為實現這一目標，排放交易計劃的成效最為顯著。”