雖然我國推廣合同能源管理模式已初見成效，節能服務公司數量快速增長，項目投資總額不斷加大，各項政策優惠措施得到逐步落實，但節能服務產業的發展仍然處于初級階段，進一步發展還有諸多不利的環境和障礙需要克服，發展仍然面臨著一系列問題，主要表現在以下幾個方面。

（一）原有納稅負擔過重，稅收優惠政策出臺后尚未落到實處 在稅收優惠政策實施前，在現行的我國稅收制度下，基于市場運作的EMC公司為客戶提供優質的服務，其中也包括通過面向全社會的采購為客戶優選節能設備。然而我國的稅務部門總是把EMC看作是一般的節能設備銷售商，把EMC公司與客戶的節能服務合同看成設備購銷合同，把EMC的服務費視同一般節能設備銷售商的加價，納入增值稅的規范，也就是說，把本應該是服務稅的部分變成了增值稅；與此同時，EMC公司的收益來自于節能效益分享，由于稅務部門把EMC的服務看作簡單的設備銷售，因此把節能效益分享看成了設備銷售的分期付款。根據我國的稅收制度的權責發生制，在EMC公司把節能設備安裝到客戶后就被認定為設備銷售已經實現，這樣，在EMC為客戶實施節能項目后還只剛剛開始分享節能效益時，就被認定應立即按合同全額上繳企業所得稅。 盡管2010年12月30日《財政部、國家稅務總局關于促進節能服務產業發展增值稅營業稅和企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2010]110號）出臺，自2011年1月1日起執行稅收優惠政策，但由于是新生事物，各地尚未出臺具體操作細則，可操作性差，稅收優惠的政策沒有落到實處，真正享受到稅收優惠政策的企業少之又少，沒有起動應有的推動作用。

（二）目前的信譽環境不利于EMC公司的發展 由于目前我國企業的信譽環境尚待改進，無論是EMC公司還是耗能企業（EMC的客戶），都存在這個問題。企業懷疑EMC公司的承諾是否是真的；EMC公司懷疑客戶能否真正按合同分享節能效益。

（三）在現行的政府機構財務管理制度下，EMC公司難于為政府機構實施節能項目 1992年美國兩院議會通過議案要求政府機構與EMC公司合作，以合同能源管理模式實施政府樓宇的節能改造，從而達到既不需要增加政府預算，又取得政府機構帶頭節能的效果。 在這個法案中，允許政府機構在不增加能源費用的前提下，把合同能源管理項目所節約的能源費用與EMC公司分享；同年加拿大政府也通過實施“聯邦政府建筑物節能促進計劃”（簡稱FBI），以合同能源管理模式推動政府機構的節能。然而，在我國現行的政府機構財務管理制度下，EMC公司不可能與政府機構分享節能效益，除非政府財政系統作出適當的決定，允許政府機構在不增加能源費用的前提下與EMC公司分享節能效益，或允許節能改造費用視同能源費用列入政府機構的預算和采購。此外，政府機構節能效益沒有建立獎勵制度，物業管理人員沒有任何積極性。

（四）金融機構尚未能積極為合同能源管理項目融資 目前，我國的EMC公司很難通過銀行等金融機構為合同能源管理項目融資，其原因主要是：我國的EMC公司都屬于中小企業，剛剛成立的EMC公司在金融系統尚未建立信譽；節能項目不像一般的建設項目能形成抵押物；銀行等金融機構的信貸評估部門尚不熟悉EMC公司的業務；盡管我國的《物權法》已于2007年10月1日生效，但是EMC公司大量的投資所形成的資產（設備和合同應收款）留在客戶企業（待分享效益后才能實現），銀行等金融機構往往不承認這種資產的實在性，也不認可把這種資產作為信譽抵押。在發達國家不存在這些問題，政府也鼓勵銀行等金融機構為節能項目融資。

（五）節能服務產業尚不規范 雖然有多方面的政策支持，已為在我國具體條件下實施合同能源管理項目提供了寶貴的經驗，但是EMC公司畢竟還是處于早期發展中的產業，尚無成熟的行業規范，諸如服務標準、節能量檢測和認定方法、合同規范等。目前處于魚目混珠的狀態。不少能源服務公司專業化不強，缺乏運營能力。節能服務公司的運營機制是全新的，又比較復雜，潛在的節能服務公司基本都沒有受過專業培訓，大多數缺乏綜合技術能力、市場開拓能力、商務計劃制定能力、財務管理與風險防范能力、后期管理能力等，降低了向用戶提供服務的水平。

（六）節能服務公司的技術障礙 節能項目是一項技術性很強的項目，國內現在有很多節能技術，一些技術還非常有效，投入產出比很高。可問題是技術非常混亂，魚目混珠，有些節能服務公司能力不強或者夸大節能效果。由于缺乏比較權威、有效的信息，企業很難判斷哪些技術是真的，哪些是假的，哪些技術最合適，技術到底有沒有風險。這就需要提供信息服務和檢測服務，但社會上還缺乏完善檢測隊伍和檢測機構，節能檢測的能力建設滯后。