歐盟委員會一份名為《歐盟交通溫室氣體排放：到2050 年路線》的新報告草案指出：生物柴油等傳統生物燃料會增加溫室氣體排放，而且造價昂貴，不適合作為替代燃料。

該研究估計，不考慮間接影響，生物燃料的減排成本將達每噸二氧化碳100~300歐元。而當前二氧化碳的市場價格僅為6.14 歐元/噸，這意味著使用生物燃料減排的代價相當于購買排放權的49 倍。不僅如此，生物燃料還會帶來毀滅森林、草地等間接影響，實際上增加了碳排放。

歐盟委員會生物燃料報告的主要作者，農業科學家David Laborde 指出，歐盟和其他國家的決策者支持發展生物燃料并非出于環境原因，而是由于別的因素，支持生物燃料可以作為向農民補貼的依據，一些工業組織以能源安全為由宣傳發展生物燃料。他們希望能源供應多元化，而不是從中東購買石油，即使替代供應來源效率不高，甚至并不環保。

2007 年，歐盟提出了到2020 年生物燃料在交通運輸業用能中占10%的目標，2009 年將其替換為可再生能源占10%。但分析人士指出，生物燃料的比重仍將達到8.8%，其中92%是生物柴油等傳統生物燃料。