受區域經濟發展不平衡、能源生產中心和消費中心逆向分布等諸多因素的影響，我國清潔能源產業在取得顯著進展的同時，也還存在著一些亟須解決的問題。

(一)清潔能源發展體制機制需進一步建立完善

清潔能源發展涉及諸多政府部門，缺乏統一協調、推進和監管的工作機制，造成資金投入分散、資源缺乏共享、平臺重復建設、項目多頭申報等問題。雖然有關部門出臺了一系列支持清潔能源發展的政策，但一些政策過于宏觀、缺乏細則，難以落實;一些政策特別是稅收優惠政策還需加大執行力度。

(二)清潔能源發展規劃需進一步統籌規范

一些地方規劃目標與國家規劃目標銜接不夠，重規模輕消納，導致地方新能源開發規模遠超當地消納能力。核準權下放后，清潔能源行業發展和宏觀管理之間的關系尚未理順，出現了“地方點菜國家買單”現象，不利于清潔能源的可持續發展。清潔能源發展規劃和電網發展規劃不統一，國家可再生能源、風電、太陽能發電等專項規劃均已頒布，但電網規劃一直沒有出臺，導致新能源發展與電網規劃脫節。此外，清潔能源資源豐富，但地處偏遠、經濟欠發達的老少邊窮地區，急需國家層面制定特殊扶持政策。

(三)清潔能源消納和輸送需進一步規劃布局

電網建設項目涉及立項、規劃、審批、核準、評估等多個環節。由于相關環節特別是電網規劃滯后，使得電網建設進度遠落后于地方新能源項目建設進度，導致電網建設滯后和調峰能力不足，清潔能源消納和輸送受阻，棄風現象尤為嚴重，2012年達208億千瓦時，約占實際發電量的17%。儲能技術研發力度需進一步加大;國家尚未出臺儲能相關電價政策，導致企業暫無收入彌補儲能電站的日常運維費用和折舊費用，不利于企業發展。分布式能源發電和微電網建設方面存在的制度約束也制約了分布式能源大規模開發應用。

(四)海上風電需進一步推動發展

東南沿海的海上風力發電潛力巨大，對提高我國在清潔能源先進技術領域的話語權意義重大。目前，我國海上風機技術總體水平偏低，大功率風電機組研發仍處于起步階段。此外，海上風電場開發涉及海洋漁業、國土、電網、氣象、軍事、港口交通等多個領域，項目審批核準難度大，且項目建設過程中電網接入、風電場建設與其他用海規劃矛盾突出。海上風電定價機制尚未形成，直接影響項目投資方的積極性。

(五)清潔能源應用市場需進一步培育扶持

作為未來重要的交通工具，新能源汽車充換服務普及度、可靠度、競爭度等方面亟待加強，充電基礎設施建設制約新能源汽車商品化，城市公共區域和居民小區充換電設施缺乏統籌規劃和系統設計。新能源汽車的行業準入、監管政策及技術標準有局限性。扶持和補貼政策缺乏系統性，扶持主體未側重于企業，且偏重于整車企業，扶持效果不佳。我國分布式電源輸送距離短、需求大，具有很好的市場前景和發展潛力。但光伏建筑一體化建設權責不清，且項目開發商、建筑物業主、用能單位由于利益分配容易產生分歧，缺乏長期穩定性，導致合同能源管理模式推進困難。

(六)新型城鎮化過程中的清潔能源開發利用和環境保護需進一步重視推動

我國城鎮化工作在取得進展的同時，也存在城鎮污水處理、垃圾處理等設施建設嚴重滯后、運行不規范，空氣質量下降等問題，特別是垃圾處理存在廠址選址難、收集處理難、過程監督難、獲取合理回報難等現象。在新型城鎮化過程中，需將城鎮化、清潔能源開發利用和環境保護有機結合、統籌規劃，進一步推動新型城鎮化過程中的環境保護。