據云南省環保廳相關負責人介紹，全省環境監測工作尚有四大難題亟待解決。一是體制機制不暢，二是履職能力不強，三是經費保障不力，四是人員素質有待提高。

針對存在的問題，今年云南將突出做好6項重點監測和專項監測工作。一是做好重金屬監測工作。尤其是重點監測存在重金屬污染隱患的涉鉛、涉鎘、涉汞、涉鉻和類金屬砷的工業企業和危險廢物處理利用類企業。二是做好跨國界河流水質監測工作。德宏州、保山市、西雙版納州、文山州和紅河州環保局將按照相關要求，認真開展跨界水體監測工作，定期編制跨界水體水質狀況報告。三是做好重點流域水質監測工作。主要是九大高原湖泊和南盤江、沘江、牛欄江流域的水質監測。四是做好農村環境監測專項工作。在做好石林縣國家農村自動監測子站建設的同時，結合中央農村環保資金“以獎促治”試點村莊和九大高原湖泊沿湖治理的村莊(鄉、鎮)，開展對擬選擇的文山縣擺依寨、宣威市虎頭村等6個村莊的環境質量監測工作。五是按要求做好麗江空氣背景站和昆明溫室氣體試點監測工作。六是協調好建設項目環保竣工驗收的監測工作。

據介紹，今年，在運行經費上，除了中央明確的經費保障外，省環保廳還將從排污費返還中提取部分資金補助運行費用，以緩解部分站點運行經費不足的問題。