有關專家認為，目前生物柴油規模化生產面臨的首要困難是原料資源不落實。據估算，我國的膏桐、黃連木等油料植物可滿足年產上千萬噸生物柴油的原料需要，廢棄動植物油回收可年產約500萬噸生物柴油，因此從理論上講我國生物柴油發展潛力是巨大的，但目前雖然南方地區種植了一定數量的膏桐等油料植物，但分布分散且數量小，尚不足以支撐生物柴油規模化生產。

現生物柴油生產成本中原料成本占八成。如不降低原料成本，生物柴油明顯缺少價格優勢，在當前的能源市場中將缺乏競爭力。其次，技術產業化基礎薄弱限制著生物柴油規模化發展。目前以廢動植物油生產生物柴油的技術較為成熟，但發展潛力有限;以油料植物為原料生產生物柴油的技術尚需要經過工業性試驗后才能大規模生產。再次，政策和市場環境不完善也制約著生物柴油產業發展。我國目前雖然有相關的政策及標準，但是沒有正常的生物柴油銷售渠道。

專家認為，發展生物柴油對于保障國家能源安全意義重大，從目前我國生物柴油資源、技術、市場和政策條件來看，要實現生物燃料的規模化發展，關鍵要解決好生物柴油原料落實、產品生產和市場銷售三個環節的問題，建議有關政府部門盡快制定有利于生物柴油發展的投資、價格、稅收及政府補貼等政策，落實產品銷售渠道，一方面充分發揮大型能源企業的帶頭作用，同時廣泛吸收社會企業參與，形成完整的生物柴油生產、混配和銷售體系。